腰果在生长阶段，会受到60多种病虫危害。腰果病害有花序疫病、瘁倒病、流胶病、枝腐落叶病、叶腐病、黄色叶斑病、小叶病等。合理施肥、改善排水条件、防止冬春低温寒害和夏秋高温灼伤等，可减少病害发生。发生病变时，首先切断病源，将坏死部分集中烧毁，防止传播蔓延，同时在切口及附近表面喷涂护树大将军促伤口愈合，防止病害感染和复制，阻止病害经空气传播蔓延。

虫害主要有腰果角盲蝽、腰果细蛾、腰果铁蛀虫、金龟子等。虫害发生前用根施通+新高脂膜灌根，促进根系发达，诱杀病虫害。腰果铁蛀虫是腰果树茎干害虫，对其防治在7-8月产卵期进行，用针对性药剂+新高脂膜喷涂裸露根。金龟子幼虫主要危害腰果树根，每公顷施1kg石硫合剂+护树大将军500倍液效果最好，用药10—15天后虫口减少74.4%。